Il borgo attuale venne fondato nel 1236 su un precedente piccolo abitato risalente al VII secolo quando gli abitanti della vicina Caere (Cerveteri) abbandonarono quest’ultima per trasferirsi in una posizione meglio difesa naturalmente.
Al nuovo centro diedero il nome di Caere Novum (oggi semplicemente Ceri, da non confondersi con la località di Cerenova, parte della frazione di Marina di Cerveteri), per distinguerlo dalla città antica, Caere Vetus (oggi Cerveteri). Nello stesso periodo, per motivi di sicurezza, venne costruito il castello che troneggia a difesa del borgo.
Fra il XIII secolo ed il XIV secolo Ceri fu dominio della famiglia romana dei Normanni di Trastevere, per divenire di proprietà di alcune delle più grandi famiglie romane: dagli Anguillara (della quale fu esponente Renzo degli Anguillara) ai Cesi, ai Borromeo, agli Odescalchi e per finire ai Torlonia, che in gran parte ne sono ancora proprietari. Nel 1503 la città venne assediata e conquistata da Cesare Borgia per catturare i membri della famiglia Orsini che vi abitavano. Nella piazza principale del paese sorge la chiesa della Madonna di Ceri, nel luogo dove anticamente esisteva il culto della dea Vesta. Nel 1980, durante un restauro, su una parete dell’edificio sono venuti alla luce degli affreschi di Scuola romana risalenti al XII secolo e raffiguranti scene tratte dall’Antico Testamento e storie della vita di San Silvestro.